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有机肥和生物有机肥属于包含关系，即前者包含后者。
有机肥通常是在人工控制和一定碳氮比，水分，通风情况下通过微生物发酵作用，转化成有机肥。通过堆肥化过程，是将不稳定的有机物转化为稳定的腐殖质过程。
而生物有机肥则是在有机肥的基础上添加了微生物菌，有效活菌数(cfu) ，亿/g ≥ 0.20 。
无论是有机肥还是生物有机肥，大多都含有微生物菌落，对土壤是有益的。
想象一下，在月球上，月球岩石风化成岩石粉末（微粒子），没有微生物的存在是没有土壤的存在。土壤是微生物打造的。
有机肥料
（NY-525-2021）-行业标准（2021年6月1日执行）
指主要是来源于植物和（或）动物，经过发酵腐熟的含碳有机物料，其功能是改善土壤肥力，提供植物营养，提高作物品质。适用于以 畜禽粪便、动植物残体和以动植物产品为原料，并经发酵腐熟后制成的有机肥料。
生物有机肥
（NY-884-2012）-行业标准
指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机肥料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
为什么需要发酵
腐熟是有机肥料分解过程的一个阶段。在这个阶段，有机物已经变到不能辨认它原来的形态，成为一团黑色松软的物质，有时有臭味，在原重量上失去原来的三分之二（一般3吨有机肥原料可以腐熟1吨有机肥），在碳氮比率上变得较小。
有机肥料施用前要强调腐熟，是因为没有腐熟的有机肥料中，所含的养分形态绝大部分是迟效态的，作物不能直接吸收利用。不经腐熟的有机肥施入土壤中，不仅肥效差，而且还会滋生杂草和传播病菌和虫卵。因此，有机肥料腐熟的目的是为了释放养分提高肥效，同时避免肥料在土壤中腐熟时产生某些对作物不利的影响，特别是产生的高温，容易“烧苗”。
原理
腐熟的有机肥一般需要两个阶段，即第一次高温堆肥腐熟发酵阶段和第二次陈化阶段。不稳定的有机物通过腐熟过程，通过微生物作用下，转化成稳定的腐殖质。其温度变化可以界定是否腐熟。
第二阶段：温度初见降低，氧气吸收率降低，臭味完全消失。相对于第一次堆肥腐熟来说，不能没有第二次堆肥，因为二次堆肥可以降解难降解的有机物，嗜温微生物菌落重新建立，从而有助于有机肥腐熟、减少植物毒性物质和抑制病原菌。
第一阶段：通过配比原料基质，肥堆高氧吸收，产生高温，可降解挥发性固体大量减少，臭味逐渐降低，肥堆颜色逐渐变化，需保持良好的曝气和水分控制。
温度升高阶段：有机肥腐熟温度上升到45℃，主要以放线菌、真菌和细菌为主，主要分解糖类和淀粉。甚至有源生物动物和动物参与。高温阶段：腐熟温度达到45℃以上，嗜温微生物被抑制，嗜热主导。可溶解的有机物继续被氧化分解，复杂的有机物（纤维素、半纤维素、蛋白质、木质素）也开始被分解。50℃左右（嗜热真菌和放线菌）；60℃左右（嗜热细菌和放线菌）；70℃左右（大多微生物已经不能适应）。最佳腐熟温度为55℃，这是因为大多微生物在该温度最活跃，最易分解有机物，病菌、虫卵、杂草种子大多数会被杀死。降温降低阶段：嗜温微生物又开始大量繁殖，占据优势，对残余难分解的有机物作进一步分解。此时微生物活性下降，堆肥腐熟需氧量降低，温度下降，肥堆逐渐趋于稳定。
分类
2、厌氧发酵：在缺氧或无氧条件下,主要利用厌氧微生物进行的堆肥化过程。最终产物除腐殖质类有机物、二氧化碳和甲烷外，还有氨、硫化氢和其他有机酸等还原性物质。工艺简单、不需进行通风,但反应速率缓慢，堆肥化周期较长。
1、好氧发酵：在人工控制和一定碳氮比例（C/N）、水分、温度和通风的情况下，通过微生物将有机质转化为稳定的腐殖质的过程，这类堆肥无臭无蝇，反而有淡淡的泥土味。
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